Pri predmetu varstvo rastlin s fitofarmacijo so zajeta znanja o varstvu rastlin pred boleznimi, škodljivci, pleveli in drugimi škodljivimi vplivi ob upoštevanju varovanja okolja in zdravja ljudi. Pomembno mesto ima pravilno določanje povzročiteljev poškodb na rastlinah in glede na to, ustrezno predpisovanje ukrepov. Vsebuje tudi načrtovano in pravilno aplikacijo fitofarmacevtskih sredstev (FFS).